โรคไฟโบรมัยอัลเจียเป็นผลมาจากปัญหาภูมิต้านตนเอง
โรคไฟโบรมัยอัลเจียเป็นโรคของระบบภูมิคุ้มกันมากกว่าที่จะมองว่าโรคไฟโบรมัยอัลเจียมีที่มาจากสมองในปัจจุบัน ความไวต่อความเจ็บปวดที่เพิ่มขึ้น ความอ่อนแอของกล้ามเนื้อ การเคลื่อนไหวที่ลดลง และจำนวนเส้นใยประสาทขนาดเล็กในผิวหนังที่ลดลงซึ่งเป็นเรื่องปกติของ FMS ล้วนเป็นผลมาจากแอนติบอดีของผู้ป่วย ไฟโบรมัยอัลเจียเป็นโรคภูมิต้านตนเองจะเปลี่ยนวิธี